「ま、まさか!?」 あたし三鷹優美（みたかゆうみ）高校一年生。 弟の晴仁（はると）が大好きな普通のお姉ちゃん。 弟とは凄く仲が良いの！ それはそれはものすごく‥‥‥ 「あん、晴仁いきなりそんなのお口に入らないよぉ～♡」 そんな関係のあたしたち。 でもある日トイレであたしはアレが来そうなのになかなか来ないのも気にもせずスカートのファスナーを上げると‥‥‥ 「うそっ！　お腹が出て来てる!?」 お姉ちゃんの秘密の悩みです。

父親が再婚したことで地獄の日々が始まってしまいましたが……ある日その状況は一変しました。

　修学旅行で離島へ向かう最中――悪天候に見舞われ、台風が直撃。船が沈没した。 　高校二年の早坂　啓（はやさか　てつ）は、気づくと砂浜で寝ていた。周囲を見渡すとクラスメイトで美少女の天音　愛（あまね　まな）が隣に倒れていた。 　どうやら、漂流して流されていたようだった。 　帰ろうにも島は『無人島』。 　しばらくは島で生きていくしかなくなった。天音と共に無人島サバイバルをしていくのだが……クラスの女子が次々に見つかり、やがてハーレムに。 　男一人と女子十五人で……取り合いに発展！？

　クリスマスイブの聖夜、子供達が寝静まった頃。 　トナカイに牽かせたそりと共に、サンタクロースは町中の子供達の家を訪れる。 　いかなる家庭の子供も平等に、そしてプレゼントを無償で渡すこの老人はしかしなぜ、子供達が寝静まった頃に現れるのだろうか。 　考えてみれば、サンタクロースが何者かを説明できる大人はどれだけいるだろう。 　赤い服に白髭、トナカイのそり――知っていることと言えば、せいぜいその程度の外見的特徴だろう。 　言い換えればそれに当てはまる存在は全て、サンタクロースということになる。 　たとえ、その心の奥底に邪心を孕んでいたとしても。

誰からも拒絶される内気で不細工な少年エドクは、人の心を操り、催眠術と精神支配下に置く不思議な能力を手に入れる。彼はこの力を使って、夢の中でずっと欲しかったもの、彼がずっと愛してきた美しい女性たちのHAREMを作り上げる。

朝起きたら『チュートリアル　起床』という謎の画面が出現。怪訝に思いながらもチュートリアルをクリアしていき、報酬を貰う。そして近い未来、世界が一新する出来事が起こり、主人公・花房　萌（はなぶさ　はじめ）の人生の歯車が狂いだす。 不意に開かれるダンジョンへのゲート。その奥には常人では決して踏破できない存在が待ち受け、萌の体は凶刃によって裂かれた。 そしてチュートリアルが発動し、復活。殺される。復活。殺される。気が狂いそうになる輪廻の果て、萌は光明を見出し、存在を継承する事になった。 帰還した後、急速に馴染んでいく新世界。新しい学園への編入。試験。新たなダンジョン。 そして邂逅する謎の組織。 萌の物語が始まる。

2023年（現在）、日本列島が後に時震と呼ばれる現象により、500年以上の時を超え1492年（過去）の世界に転移した。移転したのは本州、四国、九州とその周辺の島々であり、現在の日本は過去の時代に飛ばされ、過去の日本は現在の世界に飛ばされた。飛ばされた現在の日本はその文明を支え、国民を食わせるためには早急に莫大な資源と食料が必要である。過去の日本は現在の世界を意識できないが、取り残された北海道と沖縄は国富の大部分を失い、戦国日本を抱え途方にくれる。人々は、政府は何を思いどうふるまうのか。

新設された超弩級砲艦を旗艦とし新造艦と老朽艦の入れ替え任務に就いていたが、駐留基地に入るには数が多く、月の１つにて物資と人員の入れ替えを行っていた。 大型輸送艦は工作艦を兼ねた。 総勢２５０艦の航宙艦は退役艦が１１０艦、入れ替え用が同数。 残り３０艦は増強に伴い新規配備される艦だった。 輸送任務の最先任士官は大佐。 新造砲艦の設計にも関わり、旗艦の引き渡しのついでに他の艦の指揮も執り行っていた。 本来艦隊の指揮は少将以上だが、輸送任務の為、設計に関わった大佐が任命された。　 　 他に星系防衛の指揮官として少将と、退役間近の大将とその副官や副長が視察の為便乗していた。 公安に近い監査だった。 しかし、この２名とその側近はこの艦隊及び駐留艦隊の指揮系統から外れている。 そんな人員の載せ替えが半分ほど行われた時に中緊急警報が鳴り、ライナン星系第３惑星より緊急の救援要請が入る。 機転を利かせ砲艦で敵の大半を仕留めるも、苦し紛れに敵は主系列星を人口ブラックホールにしてしまった。 完全にブラックホールに成長し、その重力から逃れられないようになるまで数分しか猶予が無かった。 意図しない戦闘の影響から士気はだだ下がり。そのブラックホールから逃れる為、禁止されている重力ジャンプを敢行する。 恒星から近い距離では禁止されているし、システム的にも不可だった。 なんとか制限内に解除し、重力ジャンプを敢行した。 しかし、禁止されているその理由通りの状況に陥った。 艦隊ごとセットした座標からズレ、恒星から数光年離れた所にジャンプし【ワープのような架空の移動方法】、再び重力ジャンプ可能な所まで移動するのに３３年程掛かる。 そんな中忘れ去られた艦隊が３３年の月日の後、本星へと帰還を目指す。 果たして彼らは帰還できるのか？ 帰還出来たとして彼らに待ち受ける運命は？