魔物殲滅軍上がりの少年は魔導士育成学園で無双する

15歳の少年、クルス＝サングエは幼いころから魔物たちの脅威から人類を守るための組織、【魔物殲滅軍】に所属し日々魔物と対峙してきた。そんな彼が組織から一時戦線離脱を命じられ、その際に将来の魔物の殲滅に貢献する【魔導士】を育成する学園【マーリン魔導士育成学園】への入学も同時に命じられた。その学園は最高峰の育成水準を誇っており、魔物殲滅軍はこの学園を卒業している者も多い。

だが名門だからこそ、貴族や王族など階級の高い生徒が多数占めている。そんな中、謎が多く実力も血筋も不明である彼は学園の生徒たちから不可思議な目を向けられる。しかし、彼は魔物との戦闘のプロであり、彼の実力が学園中に知れ渡り、彼を中心に旋風が巻き起こるのはすぐそこの話。