裸の王様社会🌟

i phonの使用目的に準じた会話です。

例のウィルス、伝播経路の解析と、コメントを見つけた。

全ゲノム配列29種類の完全ゲノムデータのMAFFT [$ crisp_bio関連記事]によるアライメントから、IQ-TREEで最尤法系統解析を行った [$ 2019-05-13 MAFFT-DASH: 配列ホモロジーが弱い構造もホモロジーモデリングに利用可能とするWebサービス登場]。

武漢からタイのNonthamburiに伝播し、系統樹上で２つに別れた。その一つは、Nonthamburi内で拡がった。もう一方は、Nonthamburiから広東省珠海市を経て米国シカゴ、イリノイとシアトルへと伝播するのと並行して、Nonthamburiから浙江省の杭州市へ、また、浙江省を経て神奈川へと伝播した、と推定した [crisp_bio: 2020-02-29 14:20 経路の記述を修正]。

また、コウモリ内在●●●ウイルスが祖先配列と推定した。

[コメント]

先行研究の結果とあわせて見ると、武漢あるいは湖北省に限らず、米国が比較的早期に中国全土からの入国を止めたのは、感染の拡大を遅らせるという意味では [crisp_bio 2020-03-01追記]、正しい選択であったと思われる。
現時点で株間の配列同一性が99%を超えており、また、今回の解析は、配列が完全ではないデータも含まれており、より多くの地域からのより多くの全ゲノム配列をもとに、再解析を繰り返すことで、精度を上げていくことが期待される。
[*] 日本バイオデータのCTC、TCCおよびTCTの定義と系統樹および株の由来が、コウモリ内在●●●ウイルスを外群としてORF配列を元に構築した系統樹ではより見やすくなっている (以下に、日本バイオデータのツイートを引用)。