俺だけ毎日チュートリアルで報酬無双だけどもしかしたら世界の敵になったかもしれない

朝起きたら『チュートリアル　起床』という謎の画面が出現。怪訝に思いながらもチュートリアルをクリアしていき、報酬を貰う。そして近い未来、世界が一新する出来事が起こり、主人公・花房　萌（はなぶさ　はじめ）の人生の歯車が狂いだす。

不意に開かれるダンジョンへのゲート。その奥には常人では決して踏破できない存在が待ち受け、萌の体は凶刃によって裂かれた。

そしてチュートリアルが発動し、復活。殺される。復活。殺される。気が狂いそうになる輪廻の果て、萌は光明を見出し、存在を継承する事になった。

帰還した後、急速に馴染んでいく新世界。新しい学園への編入。試験。新たなダンジョン。

そして邂逅する謎の組織。

萌の物語が始まる。