エージェントSIX～自堕落エージェントは暗殺者を狙う～

日本には暗殺者が存在する。
ある実験の被験者であるエージェントSIXはその実験の6番目の生還者だった。
時は2025年。上官に呼び出されたエージェントSIXはある任務を任され、高校に潜入することになる。その任務とは同じ高校に通い始める、現内閣総理大臣である丸山忠臣のご子息、丸山零を狙う暗殺者を探し出し、殺害すること。
エージェントSIXは丸山零を狙う暗殺者を探し出すことが出来るのか。