宙(そら)に散る。

『宇宙に舞う』の続編。
阿刀野レイの宇宙船・クリスタル号の爆発を知らされた後、兄のレイを慕っていたリュウはすべての感情をなくし、現実から逃避していた。だが、レイの遺言を聞き、宇宙軍士官学校への入校を決める。
1年後。ルーインの助けもあり、リュウは無事に士官として極東地区へ赴くことに。極東地区は、海賊であるコスモ・サンダーが略奪を繰り返している純戦闘地区である。ここでレイが消えたのだ。危険な地域へ、ルーインは操縦士として、また、士官訓練センターでのリュウの小隊メンバーたちが一緒に来てくれることとなった。
極東地区での任務がスタートし、リュウはコスモ・サンダーのすさまじい略奪の惨状を見て、改めて、復習を誓う。

一方、総督が病に伏していたコスモ・サンダーは、内部分裂を起こしていた。マリオンは総督代理としてコスモ・サンダーを一つにまとめようと苦労していたが、7つある基地の司令官たちはコスモ・サンダーを分割し、それぞれが実権を手にしたいと考えていたのだ。
そんな中、総督が亡くなった。その遺言で二代目総督ゴールドバーグの息子であるゴールドバーグ・ジュニアが次期総督候補に挙げられるが、どこの馬の骨とも分からない、コスモ・サンダーに所属したこともない若者に総督が務まるのか。司令官たちは反発を強める。
それ以前に。総督候補に挙げられた男は、総督になるつもりなどなかった。
だが、思わぬ事件が起こり…。