Dear “Dear”

大昔から、人類は人形を生み出してきた。
西暦三千年超。人類はその技術を高めた末、自らの生活を支える存在《ディア》を作り出す。ディアは海洋に建つ巨大な塔《世界樹（ワールドツリー）》によって稼働し、人類の無二のパートナーとしてその社会の根幹を担った。
そんな時代に生きる男子高校生那城蓮（なしろれん）は、ある日、街の展望台でディアと自称する女性アイリスに出会う。しかし蓮はそれが信じられなかった。蓮は彼女のことを人間だと思ったのだ。
後日学校で、蓮は友人の遠山珀（とおやまはく）に、アイリスについて相談する。珀は大昔にディアを開発した大企業《ガラテイア》の子息であった。
しかしそこに、珀の双子の姉である遠山翆（とおやますい）が二人を訪ねてきて、学校の先生が所有するという人間そっくりなディアについての調査を頼まれる。アイリスとの関連性も鑑み、蓮は調査を引き受けることにした。