終わる世界と、花乙女。

これは今からずっと未来のお話。

ジェニファーはどこにでもいる「普通」の女の子。容姿は普通、成績も普通、運動能力も性格も普通。何ひとつ他人より優れているところがなくて悩んでいる。

そんな彼女が、従姉妹の結婚式に出席するために訪れたシカゴで、惨劇に遭遇する。
「ケダモノ」と呼ばれる異星人。地球を訪れる理由はわからないものの、彼らは大都市に降り立ち、人々を大量に虐殺する。
ジェニファーは、無意識に発動した「超」能力でケダモノの攻撃を逃れたが、彼女の家族や友人は皆、ケダモノに殺されてしまう。

ケダモノを倒してジェニファーを救ったのはシガルと名乗る女性。
「超」能力集団の「花乙女」を養成する「学校」の創始者で、ケダモノから人類を守るために戦っている。

ジェニファーは、あの惨劇で１人だけ生き残ってしまった後悔を胸に「学校」に入学することを決意する。
一人前の花乙女になるために。
二度と逃げないために。

ジェニファーを待ち受けるのは、天国か、地獄か。
彼女の戦いが、始まる。