ハチミツ ハニカム構造のように、謎は突然繋がていく 四

真相に迫る。

コミュニティの会話

arambaut
ARTIC Network
Jan 14
IVDC-HB-01/2019 has been cell cultured with one round of passaging. This should be considered the most reliable. It may could have cell adaptations but it is identical to WIV04/2019 which is direct sequenced so if independent, suggests there are no cell adaptations.

The first genome WH-Human_1 has one SNP difference from all the others which may mean it is real. However it is not known if this genome is from a sample from one of the same patients as the other 5.




richard.neher
1 
Jan 14
IVDC-HB-04/2020 is also suspect - it has 5 non-synonymous mutations and 3 synonymous
The nextstrain tool-tip is misleading here. The reference used has over-lapping annotations ORF1a and ORF1ab. There is a total of 3 mutations inferred for this branch. C1023T, C1025T, A18460G
The first two change the aa sequence of ORF1a in coding 253 and 245 (and these are the same as the mutations listed in ORF1ab).

I was mistaken. This is wrong:

The last mutation is synonymous also in ORF1ab after the slippage site.
So: 2 adjacent non-synonymous, 1 synonymous.
Correction:
The last mutation at A18460G is also non-synonymous. All three mutations are non-synonymous




cupton
1 
Jan 15
HB-04 has a bunch of indels.

Use Base-By-Base 253 to view the alignment (visual sumary shows all diffs)




trvrb
ARTIC Network
1 
Jan 15
Thanks for the feedback Andrew and Richard. I’ve updated https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov 354 to split ORF1a and ORF1b. This makes it clearer how nucleotide mutations map to amino acid substitutions.

Ignoring the divergent BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019 sequence and masking the initial 11 bases of the alignment, we have the following 5 strains and their mutations relative to the base of the outbreak clade:

WIV04/2019 - no mutations
IVDC-HB-01/2019 - no mutations
IPBCAMS-WH-01/2019 - 3 nucleotide mutations / 2 AA changes
IVDC-HB-04/2020 - 3 nucleotide mutations / 3 AA changes (includes C1023T and C1025T which are suspect being so close together)
WH-Human_1 - 2 nucleotide mutations / 1 AA change
This alignment was stripped to map to reference https://github.com/blab/sars-like-cov/blob/master/config/sars-like-cov_reference.gb 293 and so lacks indels.



アランボー

ARTICネットワーク
1月14日

IVDC-HB-01 / 2019は、1回の継代で細胞培養されています。これは最も信頼できると考えるべきです。セル適応がある可能性がありますが、直接シーケンスされるWIV04 / 2019と同一であるため、独立している場合は、セル適応がないことを示唆しています。

最初のゲノムWH-Human_1は、他のすべてのSNPと1つのSNPの違いがあるため、本物である可能性があります。ただし、このゲノムが他の患者と同じ患者の1人からのサンプルからのものであるかどうかは不明です。




richard.neher
1
1月14日
IVDC-HB-04 / 2020も疑わしい-5つの非同義変異と3つの同義変異がある
nextstrainのツールチップは、ここでは誤解を招くものです。使用されている参照には、ORF1aとORF1abのアノテーションが重複しています。このブランチでは、合計3つの突然変異が推測されます。 C1023T、C1025T、A18460G

最初の2つは、253と245をコーディングするORF1aのaaシーケンスを変更します（これらはORF1abにリストされている突然変異と同じです）。

間違えた。これは間違っています：

最後の突然変異はORF1abでもスリッページの後に同義です。
つまり、2つの隣接する非同義語、1つの同義語。
補正：

A18460Gでの最後の変異も同義ではありません。 3つの突然変異はすべて同義ではありません




カップトン
1
1月15日
HB-04にはたくさんのインデルがあります。

Base-By-Base 253を使用して配置を表示します（視覚的な要約にはすべての差分が表示されます）



trvrb
ARTICネットワーク
1
1月15日

アンドリューとリチャードのフィードバックをありがとう。 ORF1aとORF1bを分割するためにhttps://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov 354を更新しました。

これにより、ヌクレオチド変異がアミノ酸置換にどのようにマッピングされるかが明確になります。

発散するBetaCoV /武漢/ IVDC-HB-05 / 2019シーケンスを無視して、アライメントの最初の11塩基をマスクすると、次の5つの菌株と、発生クレードの塩基に対するそれらの変異があります。

WIV04 / 2019-変異なし

IVDC-HB-01 / 2019-変異なし

IPBCAMS-WH-01 / 2019-3つのヌクレオチド変異/ 2つのAA変更
IVDC-HB-04 / 2020-3つのヌクレオチド変異/ 3つのAA変更（C1023TとC1025Tが含まれ、これらは互いに非常に接近している疑いがあります）

WH-Human_1-2ヌクレオチド変異/ 1 AA変化

この配置は、https：//github.com/blab/sars-like-cov/blob/master/config/sars-like-cov_reference.gb 293を参照するようにマップするために削除されたため、インデルが不足しています